吴健雄纪念馆是中国第一个华人科学家纪念馆，全国科普教育基地，位于东南大学大礼堂西南侧。吴健雄是中国杰出女性物理学家、世界物理学界的传奇人物，被誉为“核子物理女皇”、“中国的居里夫人”。

纪念馆由东南大学建筑设计院高民权教授设计。2000年秋开工兴建，2001年6月封顶。纪念馆为单体建筑、框架结构，建筑面积2129平方米，整体四层，地下一层。纪念馆造型庄重朴实、简洁对称，弧形实墙嵌入玻璃墙体，形成强烈的曲直对比、虚实对比，与周围环境协调的弧形烧毛面花岗岩饰面隐喻着吴健雄温柔典雅的性格和永久的魅力。2002年5月31日，在东同大学百年校庆之日，吴健雄纪念馆落成开馆。江苏卫视通过卫星频道对开馆仪式向全世界进行了现场直播。

纪念馆将向世人展示吴健雄先生的生平业绩、遗物，包括吴健雄先生生前所获得的奖章、奖状、证书、聘书，有关文件、书籍，朋友及要人赠送的书画、物品，吴健雄先生日常生活用品等。在一楼主厅，集中反映吴健雄获得的荣誉和产生的社会影响;二楼主要介绍她的科学活动和科学精神，展示她用过的工作室和部分实验仪器的模型;三楼主厅主题是“从童年到回归”，介绍吴健雄的生命历程;在采用了现代金属悬挂玻璃楼面的二、三层弧形走廊上，将展示吴健雄从事学术交流、社会活动、人际交往、家庭生活等内容的若干照片，向人们展现这位杰出女性的风采与魅力。

吴健雄纪念馆已成为东南大学的一座标志性建筑。前来瞻仰和学习的人络绎不绝，大家都被她严谨的科学精神和崇高的人格风范所吸引所激励。