栖霞寺位于南京市栖霞区栖霞山中峰西麓，又称栖霞古寺，始建于南齐永明二年(484年)，迄今已有一千五百多年的历史，是中国四大名刹之一，佛教“三论宗”的祖庭，在中国佛教史上具有重要地位，南朝时期与鸡鸣寺、定山寺齐名，是南北朝时期中国的佛教中心。

栖霞寺占地面积40多亩，共有毗卢殿、藏经楼三进院勤务，依山势层层上升，格局严整美观。栖霞寺前是一片开阔的绿色草坪，有波平如镜的明镜湖和形如弯月的白莲池，四周是葱郁的树木花草，远处是蜿蜒起伏的山峰，空气清新，景色幽静秀丽。寺内主要建筑有山门、弥勒佛殿、毗卢宝殿、法堂、念佛堂、藏经楼、鉴真纪念堂、舍利石塔。寺前有明征君碑，寺后有千佛岩等众多名胜。

唐初将栖霞寺扩建，改名功德寺，增加殿宇49所，"楼阁延袤，宫室壮丽"，与山东长清的灵岩寺、湖北荆洲的玉泉寺、浙江天台的国清寺,并称四大丛林,是栖霞寺的黄金时代。唐高宗上元(674-676)年间,改功德寺为隐君栖霞寺，武宗时排斥佛教，寺被废。宣宗大中五年(公元851年)又重建。南唐时高越建舍利石塔，又重修栖霞寺，改称妙因寺;北宋太平兴国五年(980年)改名普云寺。真宗景德四年(1007)年改名栖霞禅寺,哲宗元礻右八年(1093年)改称岩因寺崇报禅院，又名景德栖霞寺或虎穴寺(因栖霞山又名虎穴山)，到明初洪武二十五年(1392年)才恢复栖霞寺的名称。

除政治上排斥佛教的原因外，由于栖霞寺所在地栖霞山临江屏立，山川形胜雄立楚尾，地势奇险，蔚成金陵防卫要冲，历来为兵家必争之地，自建寺以来，经历大战数见不鲜，故栖霞寺屡毁于战火，以致屡毁屡建。

1983年4月，栖霞寺被确定为汉族地区佛教全国重点寺院，同年创建中国佛学院栖霞山分院;1988年1月，被国务院公布为全国重点文物保护单位;2009年，被列为国家AAAA级旅游景区。