佛顶寺位于南京市江宁区牛首山东峰南面，是舍利护持僧团的弘法道场。佛顶寺属于深坑建筑，长220米，宽160米，总体高度89.3米，单体建筑面积约13.6万平米。佛顶寺建筑以供养为主题，内空间分为九层，地上三层、地下六层，地下层由舍利大殿和舍利藏宫两大空间构成。

佛顶寺分为南北两个片区，南片区包括茶苑区、僧寮区和斋堂区，以庭院式布局为主，其中僧寮区是舍利护持僧人的生活区域;北片区包括礼佛区、弘法区，以宫殿式布局为主，整体按照禅宗佛教寺院的伽蓝七堂之制来修建，其中弘法区包括大雄宝殿和禅堂，禅堂可容纳200-300人禅修。

佛顶寺建筑以供养为主题，共分为大小穹顶两部分，寓意为外供养与内供养，大穹顶长度为120米，形如佛祖袈裟，既与牛首东峰呼应，又覆盖在地宫小穹顶之上，象征佛祖无量加持。小穹顶整体犹如佛祖发髻，单个为双手合十造型，寓意千万信众对佛祖供养。

小穹顶基座为莲花宝座造型，整个莲花宝座共由象征佛陀无量智慧的56座飞天菩提门，以及象征吉祥如意的56根云门如意柱组成，与小穹顶摩尼宝珠上下结合，形成“莲花托珍宝”的神圣意象。

舍利藏宫位于地下44米处。藏宫的中心区域属于宗教场所，称为藏宫大殿，佛顶骨舍利将长期供奉在藏宫大殿内。舍利藏宫以暗色调为主，营造庄重、神秘的氛围。长廊长66米，根据六波罗密的供养内涵布局，六波罗蜜是菩萨的六种行为，分别为持戒、布施、忍辱、精进、禅定、智慧。