崇明区博物馆是—所县级综合性博物馆，始建于1959年7月。新馆经改造后于1999年12月8日对外开放。馆址设于上海市文物保护单位——崇明学宫内，占地面积23.21亩。

崇明区博物馆展厅总面积2000多平方米，布置在学宫大成殿及东西两庑内的“崇明岛史与古船”陈列，由序厅和六个单元内容组成，运用文物、模型、雕塑、沙盘、布景箱、图片和多媒体，真实反映崇明岛的形成及其政治、经济、交通、水利、文化等各方面的发展和建设成就。

学宫内现有东西牌坊、棂星门、泮池、登云桥、东西官厅、戟门、名宦祠、乡贤祠、忠义孝悌祠、大成殿、东西两庑、尊经阁、崇圣祠、明伦堂、仪门等明清建筑群，气势恢宏，规模壮观，徜徉其间，令人流连忘返。

学宫内的尊经阁曾是收藏儒家经典的场所，崇圣祠是奉祀孔子父母的场所，现这两座建筑为“崇明民俗”陈列展厅，在这里可以看到集镇、民间家庭居室布置，以及各种农耕、纺织工具、民俗服装和人物蜡像，再现了崇明人民的劳作和生活场景。

崇明学宫是现今上海仅存的三座比较完整的孔庙(崇明学宫、上海文庙、嘉定孔庙)之一，是专门祭祀孔子的场所，也是旧时官办的地方学府。崇明学宫占地23.21亩，是目前整个上海地区面积最大的一座孔庙。有殿、宫、堂、厅、祠、阁等建筑群，建筑艺术精湛，是上海地区保存完好的明清建筑。

现址又称崇明博物馆，是市级文物保护单位，重要的人文旅游景点和爱国主义教育场所，博物馆内列有“崇明岛史与古船陈列”、“崇明民俗陈列”、“临时展厅”等，较为系统地介绍了崇明的悠久历史和文化遗产。