上海崇明东滩鸟类国家级自然保护区位于低位冲积岛屿——崇明岛东端的崇明东滩的核心部分，面积约32,600公顷，约占上海市湿地总面积的7.8，主要保护对象为水鸟和湿地生态系统。在长江泥沙的淤积作用下，形成了大片淡水到微咸水的沼泽地、潮沟和潮间带滩涂。

崇明东滩鸟类国家级自然保护区是以迁徙鸟类为主要保护对象的湿地类型自然保护区，位于长江入海口，在中国第三大岛崇明岛的最东端，它是由长江携带大量的泥沙沉积而成，是长江口地区规模最大、发育最完善的河口型潮汐滩涂湿地，其南北狭，东西宽，区内潮沟密布，高、中、低潮滩分带十分明显，是亚太地区迁徙水鸟的重要通道。

区内有众多的农田、鱼塘、蟹塘和芦苇塘，沼生植被繁茂，底栖动物丰富，是亚太地区春秋季节候鸟迁徙极好的停歇地和驿站，也是候鸟的重要越冬地，是世界为数不多的野生鸟类集居、栖息地之一。据有关资料表明，东滩有116种鸟，占中国鸟类总数的十分之一，尤其是国家二级保护动物小天鹅在东滩越冬数量曾达3000～3500只。还有来自澳大利亚、新西兰、日本等国过境栖息候鸟，总数达二三百万。

保护区处于海洋，河流，陆地，岛屿的交汇地带，生物多样性极为复杂与独特，尽管滩涂植被比较简单，主要有芦苇，藨草和海三菱藨草组成，但由于生产量大，在滩涂淤积中起着举足轻重的作用，并为其他生物创造了良好的生存环境，同时养育着上海地区70%-80%的物种。目前，崇明东滩已记录到的鸟类有17目50科290种。列入《中国濒危动物红皮书》的鸟类20种;列入中日、中澳政府间候鸟及其栖息地保护协定的鸟类分别为156种和54种;超过世界种群数量1%的涉禽种类至少有12种。每年在崇明东滩过境中转和越冬的水鸟总量逾百万只，其中国家一级保护的鸟类有东方白鹳、黑鹳、白头鹤、白尾海雕4种;国家二级保护动物35种，如黑脸琵鹭，小天鹅，灰鹤，鸳鸯，小杓鹬，小青脚鹬等。在崇明东滩主要有四种类型的鸟群，它们分别是鸻鹬类，雁鸭类，鹤类群和鸥类群。

保护区主要由团结沙外滩、东旺沙外滩、北八滧外滩、潮间带滩涂湿地和河口水域组成，1998年经上海市人民政府批准建立，划分为核心区、缓冲区和实验区，其中核心区165.92平方公里、缓冲区10.7平方公里、试验区64.93平方公里。

崇明东滩还是多种生物周年性溯河和降河洄游的必经通道，在现有的10种兽类、73种鱼类和31种甲壳类当中，许多重要种类，如：国家一级保护野生动物白暨豚和中华鲟、经济特产种类大闸蟹和素有“软黄金”之称的鳗苗等，还有如泥螺，日本沼虾，海瓜子，等种类繁多，资源丰富的经济动物，它们的重要生活史，如觅食、繁殖、幼体育肥等都依赖这一特殊水域。崇明东滩现已查明的物种还包括两栖爬行动物16种、软体动物21种、环节动物13种、昆虫73种。