上海崧泽遗址博物馆位于上海市青浦区赵巷镇崧泽村，总用地约1.3万平方米，总建筑面积3680平方米。上海崧泽遗址博物馆定位为“遗址保护管理、出土文物收藏、学术研究、乡土史教育及文化休闲旅游”，将成为遗址保护、考古研究、文物收藏的平台，了解上海乡土历史的场所。

上海崧泽遗址博物馆建筑设计方案主题为“历史的剪影、聚居的村落”，充分体现了“现代风格、传统底蕴、原始符号”的遗址博物馆特点。设计方案将高低错落、体量各异的建筑叠合交错，将崧泽文化的悠久韵味固化为富于变化和充满灵动的造型，将对远古文化的感悟融入到建筑的形态中。建筑整体形态简朴庄重，犹如古老村落的缩影，契合江南水乡的人文地貌及水系纵横的自然地貌，以小桥、流水、村落和庭院的组合将现代与历史定格在遗址博物馆中，赋予博物馆浓郁的地域特色与人文气息。

崧泽遗址是上海远古文化的发源地，被称为“上海之源”。遗址发现于1957年，地处青浦区赵巷镇崧泽村。“崧泽”的意思是指“吴淞江流域湿地中的一块高地”。距今约7000年左右，上海地区陆地抬升。约6000年前，属于马家浜文化的人群来到上海，崧泽就是他们最初的家园。上海历史博物馆馆长张岚介绍，崧泽文化是第一个以上海地名命名的文化，是发现最早的上海原住民的文化。

博物馆中展示了众多“上海第一”。“上海第一人”是2004年春天考古学家在对崧泽遗址进行第五次发掘时，在马家浜文化时期的墓葬里发现的。这是一名年龄在25岁至30岁之间的男性。据考古学家介绍，这个年龄在当时已经是“老人”了。

馆内还展出了炭化稻谷遗存，这是上海出土的最早的人工栽培水稻，被称为“上海第一稻”。这是国内发现的首个稻谷遗存，为中国稻作起源提供了直接证据。